Sebastian Werr studierte Musikwissenschaft an der FU Berlin und in Mailand, er promovierte und habilitierte sich an der Universität Bayreuth. Als wissenschaftlicher Mitarbeiter war er am Forschungsinstitut für Musiktheater der Universität Bayreuth, an der Universität München und der Hochschule der Künste Bern sowie als Vertretungsprofessor an der Universität Regensburg tätig. Er ist jeweils hälftig als Mitarbeiter der Abteilung für Handschriften und Alte Drucke der BSB München und der Gesellschaft für Bayerische Musikgeschichte tätig.